跑步和深蹲对男人身体健康都有好处，但具体取决于目标和需求。

跑步可以提高有氧耐力、燃烧卡路里、增强心血管功能，同时还可以改善心情，降低压力等。

深蹲则可以帮助增强下肢力量，加强核心稳定性、提高代谢率、改善体型。

如果想要增强身体力量和肌肉量，那么深蹲是更好的选择；如果想要增强心肺功能和减脂塑形，那么跑步更可取。综上所述，应该根据个人需求选择适合的运动方式。