菏泽辖2区7县，及菏泽经济开发区、菏泽高新技术产业开发区，下设31个街道办事处、121个镇、16个乡。

牡丹区

现辖10个街道、13个镇、1个乡：东城街道、西城街道、南城街道、北城街道、牡丹街道、何楼街道、万福街道、丹阳街道、岳城街道、佃户屯街道、沙土镇、吴店镇、王浩屯镇、黄堽镇、都司镇、高庄镇、小留镇、李村镇、马岭岗镇、安兴镇、大黄集镇、吕陵镇、胡集镇、皇镇乡。

（其中丹阳街道、岳城街道、佃户屯街道为菏泽开发区代管，万福街道、吕陵镇为菏泽高新区代管）。