总公司汇总申报财务报表的填报过程如下：

1. 收集各分支机构的财务数据：首先，总公司需要收集各分支机构的财务数据，包括资产负债表、利润表和现金流量表等。分支机构应该在规定的时间内提交其相关的账户信息。

2. 汇总分析财务数据：将各分支机构提供的财务数据进行汇总，并进行财务数据分析，以确定业务成果和损益情况。

3. 填写主要财务报表：根据财务数据汇总和分析结果，填写主要财务报表。主要财务报表包括资产负债表、利润表和现金流量表。这些报表用于反映企业的财务状况、业务收益和现金流动情况。

4. 备注附注：在填报财务报表时，如果有一些特殊的情况需要解释，可以在财务报表的备注附注中填写相应的内容。例如，如果财务报表中出现了负数，可以在备注附注里阐明原因。

5. 内部审查：填写完毕后进行内部审查，确保财务数据的准确性和完整性，防止出现任何误报或遗漏情况。

6. 报送财务监管机构：最后，将填写好的财务报表提交给财务监管机构，以满足相关法规要求。完成以上步骤后，总公司的财务报表即可被视作完整的财务分析和审计工作的基础。