是可以分开两天分别游览北京动物园和海洋馆的。两个景点都非常大，游览时间需要比较充裕，分开两天游览可以更加仔细地观赏和体验。此外，分开两天游览还可以减少疲劳感，更好地享受旅游体验。建议提前购买门票和安排好行程，避免浪费时间和费用。总之，根据个人时间和预算的考虑可以选择分开两天或一天内游览这两个景点。