区别是航行线路不同。

199是环鼓夜游，航行线路：和平码头→八卦楼→郑成功雕像→世茂海峡大厦→演武大桥→厦门湾南岸漳州港→菽庄花园→海沧湾景区→海沧大桥→国际邮轮中心→海沧湾公园→厦门中心大厦→鹭江道→和平码头；

99是鹭江夜游，航行路线：和平码头→鼓浪屿(郑成功雕像)→演武大桥→世茂海峡大厦(双子塔)→厦门大学→BRT高架桥→厦门国际中心→大屿岛→海沧湾→海上明珠塔→东渡国际邮轮中心→海沧大桥→火烧屿→东渡集装箱码头→远眺杏林大桥→鹭江道→和平码头。