国家级重点实验室5个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地8个、省部级实验室31个。

院校直属北京协和医院、阜外医院、中国医学科学院肿瘤医院、中国医学科学院整形外科医院、中国医学科学院血液病医院和中国医学科学院皮肤病医院等6家医院,集医院、研究所和教学机构于一体。