在设置西门子加工中心的参考点时，首先要确定加工零件的坐标系方向，并选择合适的参考点。一般情况下，参考点选择在零件坐标系的原点位置或主轴中心位置，通过正确定位方式，将磨合度误差和回走误差降到最小。

在设置参考点时，要根据机床的具体型号和零件的加工要求进行调整，采用自动测量加工程序，通过三次测量求平均值，最终确定准确的参考点位置。

设置好参考点后，就可以进行加工操作，确保加工精度和质量。