根据日本移民法规定，持有90天探亲签证的外国人，其入境后停留时间不得超过签证有效期，即90天。如果在探亲期间发现停留时间不足六个月，需要在签证有效期内离境。如果持有其他有效签证或身份，可以再次入境。入境时还需要满足入境条件和相关规定，如持有有效护照、机票、资金证明等。

因此，如果持有90天探亲签证，入境后发现不足六个月停留时间，需要在签证有效期内离境，否则会违反移民法规定。