三星S换机助手传输停止后是否可以继续，取决于传输过程中是否出现错误。

如果传输过程中没有出现错误，只是你自己手动停止了传输，那么再次开启传输就可以了。但要注意的是，虽然大部分数据如联系人、日程、信息、通话记录等可以继续传输，但一些应用数据可能无法继续传输，需要重新安装应用后才能同步。

如果传输过程中出现了错误，如数据冲突、文件损坏等，那么需要先解决相应的问题，然后才能继续传输。

总的来说，如果想要继续使用三星S换机助手传输数据，建议在传输过程中避免手动停止传输，确保网络环境良好，并确保两部手机都支持该功能。如果遇到问题，可以尝试重新启动手机或重新安装三星S换机助手。如果问题仍然存在，建议联系三星客服寻求帮助。