按照国家建筑法规定，农村自建房不得超过两层，且总建筑面积不得超过240平方米。这是为了保障农村房屋的安全和防止过度开发。同时，限制建筑层数可以减少资源浪费和环境污染，避免出现楼房拥堵和人口密集的情况。

因此，规定农村自建房不得超过两层，有利于保护农村环境、促进可持续发展。