一般情况下，住院期间的费用会在出院时从医保卡中扣除，以支付部分或全部的医疗费用。具体是否扣完取决于住院期间的实际费用、医保政策以及医保卡的余额。如果住院期间的费用超过了医保卡的余额，剩余的费用需要自己支付。但是不同地区的医保政策可能有所不同，建议您咨询当地医保机构或医院财务部门了解具体的扣费情况。