建筑工程公司开13个点的发票，主要区别在于税率不同。根据不同的服务和项目类型，建筑工程公司可能需要开具不同税率的发票。在中国的税法中，不同的行业和项目类型对应的税率是不同的，因此发票上显示的税率也会有差异。

一般来说，建筑工程领域的税率为13个点，这意味着公司需要缴纳13%的增值税。如果建筑工程公司开13个点的发票，则意味着其提供的服务属于税法规定的13%税率的服务范围。

相比之下，如果建筑工程公司开其他税点的发票，例如6个点或者更低税点的发票，则说明其提供的服务可能属于其他税率范围，需要根据具体的税率规定进行纳税。

总之，建筑工程公司开13个点的发票，说明其提供的服务属于13%税率的服务范围，需要按照该税率进行纳税。