沙丘3继续讲述了人类与沙虫之间的斗争，保罗·亚特雷迪斯成为了异端教派之一的教皇，但意识到自己的背叛会导致恶性循环，于是为了阻止未来而选择了死亡，而他的孪生妹妹阿尔依瑟斯则继承了他的意识。故事在短时间内发生了多个阴谋和策略的反复，包括联合攻击沙虫、反对保罗的教派、保罗儿子的反抗行动和阿尔依瑟斯的处决等。

最终，一个新的未来被开创，新的大沙漠统治者产生，书中留下了许多未解之谜和未来的愿景。