南京农业大学生命科学学院成立于2002年，由植物学、微生物学、生物化学与分子生物学、动物学四个学科整合而成。微生物学系是该学院的一个重要组成部分，负责相关领域的教学和研究工作。
此外，生命科学学院在微生物学领域有着悠久的历史和深厚的学术积累，其前身可追溯至1952年南京农学院创建的微生物学学科。学院目前设有多个本科和研究生专业，拥有博士后科研流动站和一级学科博士学位授权点，以及多个二级学科博士学位授权点和硕士学位授权点。
总的来说，学院的微生物学系致力于培养具有扎实理论基础和实践能力的专业人才，同时也在微生物学的科学研究和应用方面取得了显著成就。