北海市半夜出现巨大响声，可能的原因有很多。有可能是附近正在进行的施工活动，尤其是涉及夜间混凝土浇筑等特殊工艺时，可能会产生较大的噪音。此外，也有可能是天气现象，如雷雨云团移动导致的短时强风，引发的门窗摇晃等声音。具体原因还需根据当时的具体情况和相关部门的调查来确定。