移动基站建在房顶会对房屋造成一定的负担，因此需要进行补偿。一种常见的补偿方式是在基站周围设置弹性支撑装置，如弹簧、橡胶垫等，以减少基站对房屋的振动和压力。

另外，还可以采用加固房屋结构的方法，如加装钢筋混凝土梁、加厚墙体等，以增强房屋的承重能力。

此外，还需要对基站进行定期检查和维护，确保其稳定运行，减少对房屋的影响。