根据深圳市交通运输局的规定，申请深圳小汽车更新指标需要进行以下步骤：

1. 登录深圳市交通运输局官方网站，进入车辆管理页面。

2. 在车辆管理页面中，选择“小汽车更新指标申请”选项。

3. 填写相关个人信息和车辆信息，包括车辆所有人姓名、身份证号码、车辆牌照号码等。

4. 提交申请后，系统会生成一个申请号码，同时需要缴纳相应的申请费用。

5. 等待审核结果，一般情况下，审核结果会在一周左右出来。

6. 如果审核通过，可以在指定时间内到指定地点领取更新指标。

请注意，具体的申请流程和要求可能会根据深圳市交通运输局的规定有所变化，建议您在申请前仔细阅读相关规定并按照要求进行操作。