科目一考试中，一分、三分、六分、九分、12分的区别主要是在记分和处罚上的不同。根据道路交通安全违法行为的严重程度，一次记分的分值为：12分、6分、3分、2分、1分。具体来说：

12分：对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，处罚与记分同时执行。

六分：机动车驾驶人有不按规定参加审验的违法行为，处二百元以下罚款。

三分：机动车驾驶人有不按规定超车的违法行为，处二百元以下罚款。

二分：机动车驾驶人有不按规定停车的违法行为，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。

一分：机动车驾驶人有不按规定使用安全带的违法行为，处警告或者五十元以下罚款。

因此，科目一考试中，不同分值的记分和处罚都有所不同，需要考生认真学习和理解。