苹果系统数据清理40多个G的方法如下：

删除不常用的应用：长按要删除的应用图标，点击“删除应用”。

清理缓存和数据：设置-通用-iPhone存储，查看各个应用的存储空间，选择性清理。

删除大型文件：如视频、照片等，可以使用iCloud照片图库将照片备份到云端，然后从设备上删除。

清理Safari缓存：设置-Safari浏览器-清除历史记录和网站数据。

删除不需要的消息和附件：在信息应用中，删除不需要的短信和附件。

使用第三方清理工具：如PhoneClean等，可以帮助清理隐藏的缓存和临时文件。

定期重启设备：这可以帮助清理内存中的数据。

如果以上方法都无法满足需求，可以考虑备份重要数据后，进行系统恢复或者重置。