当火灾发生在上山独头巷道中段时，不能直接灭火的原因主要有以下几点：

瓦斯浓度检测：在上山独头巷道中，火灾可能引发瓦斯爆炸的风险较高。因此，在灭火前，必须先检测流向火源的瓦斯浓度。如果情况不清，直接灭火可能会加剧火势，甚至引发爆炸，对灭火人员和其他人员构成极大的危险。

火势控制：上山独头巷道的特殊地形使得火势容易迅速蔓延。直接灭火可能无法有效控制火势，反而会使火势更加猛烈，增加灭火难度和危险性。

灭火方式选择：在独头巷道中，灭火方式的选择也受到限制。一些常规的灭火方法，如使用水或泡沫灭火剂，可能无法有效到达火源，或者在巷道中造成积水或滑坡等危险情况。

因此，当火灾发生在上山独头巷道中段时，不能直接灭火。应先进行瓦斯浓度检测，确保安全后，再选择合适的灭火方式进行灭火。同时，在灭火过程中，还应加强火势的监测和控制，确保灭火工作的顺利进行。