在于其运行的路线、车辆大小和服务对象不同。

首先，摆渡车多数是在景点内或特定区域内的较短路线上运行，主要服务对象是需要往返于该区域内的游客或居民，车辆大小相对较小，一般只有几十个座位。

而大巴运营的路线相对较长，不仅涵盖城市内的多个区域，还可以连接不同城市之间，主要服务对象是需要长途出行的人群，车辆大小较大，通常可以上百个座位。

其次，摆渡车通常是由景点或相关单位自行运营，服务质量相对较低，一般只提供基本的车辆及路线信息，没有专门的售票窗口和售票系统；而大巴一般由交通运输公司或公共交通机构提供，服务质量相对较高，在车上会提供饮用水、Wi-Fi等服务，同时也有完善的售票系统和售后服务。

综上所述，摆渡车和大巴在运行路线、车辆大小和服务对象等方面存在明显的差异。