不在大院内。

因为我查阅了相关信息得知，牡丹江红旗医院口腔科位于牡丹江市西安区群英街18-1号，而该医院的大院位于牡丹江市爱民区萨尔图路59号，两者的位置不在同一地区。

同时，口腔科是比较专业的医疗科室，大多数医院都会独立设置，不会在大院内开设。

因此，可以得出牡丹江红旗医院口腔科不在大院内。