国家发展和改革委员会负责。

因为自然资源部所管理的土地是国家的自然资源，土地流转是一个涉及经济、社会、生态等多个领域的综合性问题，需要多个部门协同管理和监督。

国家发展和改革委员会是政府负责全国宏观经济管理和决策的机构，承担了制定和实施国家土地利用总体规划的职责，因此也承担了土地流转指标的监管工作。

此外，国土资源部还与农业农村部、交通运输部、水利部等多个部门共同协作，确保土地流转工作顺利进行，保障资源的有效利用和社会的可持续发展。