《武庚纪·太极》的结局是，为了阻止帝俊的计划，草莽天子和其中一位神秘人物顺利通过了时空之门，回到了过去的贤王朝。

在这里，他们成功找到了八卦天书的下落，并通过太极图的引导，打败了九头蛇精，拯救了尚方氏和百姓们。

但帝俊并没有就此罢休，继续试图利用八卦天书来破坏天地秩序，最终在草莽天子和楼船吸收众人真气的帮助下，被封印住。故事以草莽天子重新回到现实世界的场景，结束了这场关于天地秩序和人性善恶的故事。