如果您是中介方，收到1000万自然人的居间服务费后，需要开具增值税专用发票。具体的开票流程是先确认服务费用、税率、开票金额后，填写好发票申请表，并加盖公章。然后将申请表交给财务部门生成发票，再按照相关规定将发票交给甲方。需要注意的是，自然人为小规模纳税人，开出的发票是普通发票。

最后，需要将相关发票信息进行记录，包括甲方名称、发票号码、金额、税率等，以便后续会计处理。