公安机关查扣假币后，需要进行鉴定，确认是否为假币。如果确认为假币，公安机关会根据相关法律法规进行处理，具体处理方式如下：

1. 销毁假币：公安机关可以将查扣的假币进行销毁，以保障货币的稳定和安全。

2. 追究刑事责任：如果发现有人制造、贩卖、传播假币，公安机关将依法追究其刑事责任，对其进行处罚。

3. 补偿受害人：如果假币已经流入市场，给受害人造成了经济损失，公安机关可以协助受害人进行赔偿。

4. 加强监管：公安机关还会加强对假币制造、贩卖、传播等违法行为的监管，打击假币犯罪活动，维护货币的稳定和安全。

总之，公安机关查扣假币后，会根据相关法律法规进行处理，以保障货币的稳定和安全，维护社会的正常秩序。