将 CF 卡（CompactFlash）的格式从原来的格式更改为 FAT 格式，通常不会对 CF 卡本身造成物理损伤。CF 卡是一种可重复擦写的存储介质，这意味着你可以反复对其进行格式化、写入和擦除操作。

在格式化 CF 卡为 FAT 格式之前，你应该确保备份了所有重要的数据。格式化过程会删除 CF 卡上的所有内容，并且这个过程是不可逆的。如果格式化过程中发生错误或中断，可能会导致 CF 卡上的数据丢失或损坏。

将 CF 卡格式化为 FAT 格式可能会影响其性能和兼容性。FAT 格式是一种较旧的文件系统，可能不支持大文件或某些特殊字符。如果你需要存储大文件或需要更高的兼容性，可能需要选择其他文件系统，如 exFAT 或 NTFS。

综上所述，将 CF 卡格式化为 FAT 格式通常不会对 CF 卡本身造成物理损伤，但需要注意备份数据并谨慎操作。

选择适当的文件系统以满足你的需求也是非常重要的。