首先就需要通过观察它们的尾巴来判断公母。 首先雄性墨西哥蛋龟的尾巴比雌性要长，尾巴根部也要比雌性要粗一点，而且还有一定的弧度。

其次可以观察它们腹甲和背甲上的花纹来区分公母。 雌性墨西哥蛋龟背甲较为扁平、腹甲呈黄色、侧面呈紫红色、腹甲是黑褐色或橄榄绿色。 雌性墨西哥蛋龟腹甲较为扁平、腹甲呈棕黄色、腹甲呈灰白色。