南宁市禁止电动摩托车的主要原因是为了减少交通事故和缓解城市道路交通拥堵。电动摩托车的数量庞大，常常闯红灯、逆行等违法行为，严重威胁行人和其他车辆的安全。同时，由于电动摩托车速度较慢，行驶效率低下，也会导致道路交通堵塞。

此项规定希望通过限制电动摩托车的数量来优化城市道路交通，提高交通效率和安全性。