乔尼亚斯奥特曼是奥特曼系列中的第一部动画作品，相较于特摄片，动画版在表现手法上具有更多优势。在乔尼亚斯奥特曼中，登场了许多独特的怪兽。以下是一些较为突出的怪兽角色：

1. 岩礁怪兽伊斯兰达（Islandia）：在动画第18话中登场，身高813米，是乔尼亚斯系列中登场的最巨大的怪兽之一。

2. 吉安约（Gian）：在动画中，吉安约是一种高度为317米的超巨大生物，它在剧中与其他怪兽共同登场。

3. 贝多兰（Bedoran）：同样是317米的超巨大生物，在动画中出现。

4. 多拉多格斯（Doradoes）：身高425米，是乔尼亚斯系列中另一位超巨大生物，曾在动画中登场。

5. 法伊巴顿（Feyberton）：动画中出现的怪兽，身高63米，与其他昭和奥特曼系列中的怪兽相比，法伊巴顿的身高属于标准身高。

6. 哥斯特隆（Ghostron）：在动画中，哥斯特隆是一种老怪兽，身高同样为63米。

7. 阿斯特隆（Asteron）：动画中出现的怪兽，身高63米。

8. 雷德王（Red King）：雷德王是昭和奥特曼系列中的经典怪兽，在动画中也有登场。

9. 巴尼拉（Banila）：动画中出现的怪兽，身高63米。

此外，乔尼亚斯奥特曼动画中还出现了其他怪兽，如美特龙（Medullian）、加德兰（Gardian）等。动画以其独特的表现手法，为观众带来了许多震撼的视觉体验。