员工制与非员工制的主要区别在于双方的关系和权益。员工制下，员工与公司签订劳动合同，享有相应的工资、福利和保障，如社会保险、年假等。

而非员工制则通常指的是临时工、合同工、实习生等，他们与公司之间的关系更加灵活，可能不享有全面的福利待遇，工作期限也可能较短。此外，员工制通常更加稳定，而非员工制则更加灵活多变。这两种制度各有优劣，适合不同的企业和岗位需求。