通行证进港和护照出港是两个不同的行政手续。通行证通常用于非常特殊的情况下，让持有该证件的人员在特定的时间内进出某个国家或地区。而护照则是国际旅行时的必备证件，用于证明身份和国籍。如果持有通行证进入港口，然后需要出港旅行，应当使用护照作为证件。如果混淆使用这两种证件，可能会引起边检和航空公司的误解和麻烦。因此，应当根据具体需要使用相应的证件，遵守当地的出入境法规和规定。