肯尼亚位于热带季风区，大部分地区属热带草原气候，沿海地区湿热，高原气候温和。3-6月、10-12月为雨季，其余为旱季。年降雨量自西南向东北由1500毫米递减到200毫米。

首都内罗毕气候温和，年平均气温17.7°C，年降雨量1049毫米。全境位于热带季风区，但受其地势较高的影响，为热带草原气候，降水季节差异大。全年最高气温为22－26℃，最低为10－14℃。