可以。中山大学附属第三医院作为一家大型综合性医院，对于住院患者的医保报销政策会根据国家和地方的医保政策执行。

农村居民医疗保险（农保）患者如果已经成功转为职工医疗保险（职保），并且在转保等待期过后（根据相关政策，通常为转保次月起6个月后开始享受职工医保待遇），在中山大学附属第三医院住院治疗是可以使用职工医疗保险进行报销的。