南孔是正宗。南宋建炎二年（1128年），孔子的第四十八代嫡长子、衍圣公孔端友赴扬州陪郊祀，因金兵己攻陷衮州，没法再回曲阜，于是与其嗣子孔玠随宋高宗南渡，定居于浙江衢州。