是的，网易云音乐MV的时长可以低于3分钟。网易云音乐为用户提供了上传和分享自制MV的功能，用户可以根据需要选择合适的时长来制作MV。然而，具体的时长限制可能会根据平台的更新和调整而有所改变，建议您在上传MV前查看网易云音乐的最新规定或联系他们的客户支持以获取准确的信息。