公司签订入职3年内不能怀孕协议应明确双方权利和义务。协议可写明员工在入职后的三年内不得怀孕，并约定相应的违约责任。同时，公司应提供必要的职业培训和健康保障，确保员工在职业发展和身体健康之间取得平衡。协议应双方自愿签订，并遵守相关法律法规。