作为“十三五”规划重大交通项目之一的宁夏准格尔铁路，在建设初期面临诸多困难，如地形复杂、交通不便、资金短缺等问题。

后来随着政府的大力支持，该项目逐渐加快了建设进程，但仍存在一些挑战，如环评、安全管理等方面的问题，导致工程建设进展放缓。此外，近年来国家对铁路建设的投资也有所减少，资金压力较大，这也可能影响到宁准铁路的建设进展。