办理南宁市车辆租赁许可证的流程为：首先向工商局申请预先核准机动车交易、租赁业务；在核准通过后，到被授权的银行缴纳资金；在向交通运输局递交相关材料，进行审批，通过后领取营业执照和租赁许可证；

最后，在税务局进行税务登记并缴纳税费后即可开始正式运营。