有区别，区别在于，夫子庙为纪念孔子修建的，报恩寺是佛寺

夫子庙：是南京一处为了纪念供奉伟大的思想家孔子而修建的庙宇，是南京十大风景名胜排行之一，这座夫子庙的位置位于南京市秦淮区秦淮河的北岸贡院街，就在江南贡院的西边，夫子庙是我国的第一座最高学府，意义很深刻。

大报恩寺遗址公园位于江苏省南京市秦淮区中华门外，是中国规格最高、规模最大、保存最完整的寺庙遗址，遗址公园中保护性展示了大报恩寺遗址中的千年地宫和珍贵画廊，以及从地宫中出土的石函、铁函、七宝阿育王塔、金棺银椁等世界级国宝，是夫子庙秦淮风光带重要组成部分。