医保余额转交农保的缴纳方式有多种，以下是一些常见的方法：

1. 利用当地社保APP缴费：首先查询自己所在地方是否有城乡居民基本医保（新农合）微信缴费，有的话，用户可以下载并注册所在地推出的农合公众号或人社局的手机APP。然后输入个人信息注册成功后，在相应的页面找到新农合缴费，点击缴纳既可完成新农合缴费。

2. 通过银行APP缴费：以建设银行为例，打开建设银行APP—登录个人账户“悦享生活”—点击“更多”—“医保缴费”—输入保单号—点击查询账单—已缴费—付款成功。

3. 使用支付宝缴费：登录到个人的支付宝账号，找到城市服务。在打开的城市服务页面中，可以找到相关的医保缴费选项。