门诊特种病在社区卫生站和医院开药的报销比例是不同的：

1. 社区卫生站：门诊特种病在社区卫生站开药，一般只能报销部分费用，报销比例在一定范围内，具体报销比例因地区而异。例如在北京市，门诊特殊病的报销比例为50%。

2. 医院：门诊特种病在医院开药，一般情况下也是需要先自费，后通过社保、医保等方式进行报销。医院门诊特殊病的报销比例一般在70%以上。

总体来说，在社区卫生站和医院开药的报销比例是不同的，医院的报销比例较高，但是社区卫生站提供的服务更为便捷，同时也根据患者个人的情况来提供一些优惠政策。