若摩托车线圈进水，应先排水并拆卸线圈清洁内部，并确认无电气元件铜线破损、氧化，进行修复或更换。可以使用酒精清洗配合吹气或吸尘机除尘。避免涂抹油脂或灰尘等污染物堵塞清洗口。

若无相关维修经验，建议寻求专业人士帮助维修，以确保行车安全，并做好日常维护保养工作，预防线圈进水。此外，雨天行车也需要注意防雨措施。