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学校起源于1983年创建的南京财贸学院。1987年更名为南京审计学院，由审计署和南京市人民政府联办。1990年12月转制为审计署直属高属高校。2000年2月，学校办学管理体制调整为江苏省与审计署共建、以江苏省管理为主；

同年4月，原南京金融高等专科学