医保账户里的钱要比实际交的金额少的原因是:由于系统的原因，在我们缴费的时候，工作人员没有及时登录到网络上，我们查询的时候，就会发现医保账户里的钱要比实际交的金额少。

还有一种原因是我们使用医保支付医药费，也是会产生各种手续费，年费。虽然说每次只扣几元，但是时间久的话，同样也会受到影响，让我们发现我们实际缴费金额要高于医保账户的余额。

再加上购买药物的价格有零有整，同样也是会出现记错的情况。