重庆市颁发的机电工程师证书在武汉是可以正常使用的。

因为绝大部分的工程师职称证书是可以全国通用的，目前我国各地市人社局是国家指定的职称评定机构，市人社局发的职称证书是合法的、正规的，其实只要是市人社局发的都算国家职称。