毕业后灵活就业档案应该放在一个安全、易于管理和随时访问的地方，比如云端存储或者自己的个人电脑上。同时，对于求职者来说，重要的是要对自己的档案进行有效的分类和整理，确保简历、工作经验、推荐信以及荣誉证书等资料的完备性和准确性，方便在需要时快速展示自己的能力和素质。

此外，保护个人隐私也是必须考虑的因素，对于一些敏感信息应该进行适当的隐藏或者加密保护。