劳务派遣协议由派遣机构与用工单位签订。

劳务派遣是一种由派遣机构与派遣员工签订劳动合同，然后向用工单位派遣员工的用工形式。在劳务派遣关系中，存在三方主体：派遣机构、用工单位和派遣员工。其中，派遣机构与派遣员工签订劳动合同，建立劳动关系；而派遣机构和用工单位之间则签订劳务派遣协议，约定派遣员工的相关事宜。

因此，劳务派遣的三方协议是由派遣机构与用工单位签订的。