种子有颜色和没颜色的区别主要在于外观和生物学特性方面。以下是它们之间的主要区别：

1. 外观：有颜色的种子通常具有鲜艳的外壳，如红色、黄色、黑色、紫色等。这些颜色有助于吸引传播者，如鸟类和动物，以便将种子传播到其他地方。而无颜色的种子，如白色、灰色或褐色，通常外观较为朴素，难以吸引传播者。

2. 生物学特性：有颜色的种子在生物学上可能有更复杂的生存策略。例如，某些颜色鲜艳的种子能欺骗鸟类，使其认为种子不可食，从而避免被鸟类食用。而无颜色的种子可能在进化过程中适应了其他传播方式，如风传播、水传播等。

3. 保护机制：有颜色的种子可能具有更强的保护机制。颜色鲜艳的种子有时会带有毒性，以防止被动物食用。而无颜色的种子通常不含毒性，但其硬壳或特殊结构也能起到一定的保护作用。

4. 识别度：有颜色的种子更容易被识别，从而降低误食的风险。而无颜色的种子可能容易被误认为其他有毒或不可食的物质。

总之，种子颜色的存在与否主要取决于它们的生存策略和进化过程。有颜色的种子在保护自身、吸引传播者和适应环境方面具有独特的优势。而无颜色的种子则可能有其他适应性的特点。