工伤认定了还在走流程，但是医院开的休息证明到期了不上班，会对后续工伤待遇产生影响。因为工伤认定需要一定的时间，如果在这段时间内员工没有上班，也没有提供有效的休假证明，那么单位可能会认为员工已经恢复了工作能力，从而影响后续的工伤待遇。

因此，建议员工在工伤认定期间，按照医院开具的休假证明进行休假，并及时向单位提供相关的证明材料。